动植物基因组重测序

动植物基因组重测序

1 技术简介      

动植物全基因组重测序是指在一个物种的基因组已知的情况,对该物种的大量样本进行测序。将得到的序列信息和参考基因组比对,得到该物种的全基因组遗传变异多态性进行分析。基于变异位点信息,可在群体水平进行分析和统计。自然群体,可以进行功能基因的定位(GWAS)或对该物种的遗传进化关系做出预测分析,估计生物种类的分化时间等;遗传群体,可以进行BSA测序或者构建遗传图谱,进行QTL定位等。


2 实验流程



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3 样品准备


                                                                            基因组 DNA样品送样建议

样品类型

总量

浓度

完整性

纯度

DNA

≥1 μg

≥12.5ng/μL

无降解或轻微降解,主峰>20Kb

无蛋白,RNA/盐离子等污染,样本无色透明不粘稠  

                                                                       组织样品判定标准

组织类型

常规DNA小片段文库

PCR free文库

新鲜培养细胞 (细胞数)

≥5×106cell

≥1×107cell

新鲜动物组织干重

≥50mg

≥300mg

新鲜植物组织干重

≥200mg

≥800mg

全血(哺乳动物)

≥1 mL

≥2 mL

全血(非哺乳动物)

≥0.5mL

≥1mL


4 生信分析流程


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5 主要分析结果展示(部分结果)

1)自然群体分析结果展示


2)遗传群体分析结果展示-BSA

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                             SNP突变类型分析                                                               ED关联分析曼哈顿图

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                                                                                                候选区域内基因通路分布图                   



3)遗传群体分析结果展示-遗传图谱

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   基因组和遗传图谱共线性分析                    单倍体来源分析                           连锁标记热图分析