动植物基因组denovo测序

动植物基因组denovo测序

1 技术简介

基因组从头测序(denovo sequencing),主要针对基因组序列未知或参考基因组组装不理想的物种,构建不同类型的基因组DNA文库,并进行序列测定。然后使用生物信息学方法对序列进行拼接、组装和注释,从而绘制该物种完整的基因组序列信息。一般认为,简单基因组为重复序列低于50%,且二倍体杂合度低于0.5%的物种;复杂基因组为重复序列高于50%,或二倍体杂合度高于0.5%,或其他多倍体物种。


2 实验流程


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3 样本准备

                                                                                    

平台

文库类型

样本量(基因组DNA)

浓度

Nanopore PromethION

20-40Kb  library

≥9μg

90 ng/μl

Ultra-long library(>40k)

≥10μg

150  ng/μl

PacBio Sequel II

 

15-20Kb HIFI library

≥15μg

80 ng/μl

20-40kb CLR library

 ≥7μg

70  ng/μl 

DNBSEQ

350bp library

≥1μg

12.5 ng/μl

StLFR library

≥500ng

1 ng/μl


4 生信分析流程


5 主要分析结果展示





分析内容

下机数据统计基因组组装效果评价蛋白编码的基因序列比对全基因组复制事件分析
数据质控基因组组装完整性与连续性评估基因组注释分歧时间估算
高质量数据获取重复序列分析杂合度分析共有特有基因家族分析
Survey分析非编码RNA预测染色体共线性分析LTR插入时间
基因组组装蛋白编码基因预测基因家族扩张和收缩分析正选择分析